Basta instalar o Ubuntu 14.04 diretamente no seu novo disco rígido interno, a partir de uma unidade flash USB ou mídia ótica. Se a sua unidade externa não for montada em qualquer porta usb enquanto você estiver fazendo a instalação do 14.04, o seu novo menu de boot grub incluirá apenas a lista de opções 1.Ubuntu 14.04 e 2.Win7 no SSD. Mais tarde, você pode querer formatar seu HDD externo obsoleto.
Essa metodologia funcionou muitas vezes para mim, já que o grub verifica apenas as opções de inicialização dos sistemas operacionais disponíveis e lista essas quando você faz uma instalação.