Muitas vezes, eu apaguei acidentalmente arquivos tão importantes e testdisk foi o que salvou minha vida.
sudo apt-get install -y testdisk
sudo reboot
E enquanto você reinicia, na sua tela do GRUB, escolha para inicializar o sistema no modo de recuperação. Ele irá levá-lo ao menu, onde você teria a opção de soltar no shell de root.
Quando você estiver na linha cmd, dispare este testdisk /dev/sda
e siga as instruções nesse processo.
Boa sorte
EDITADO: atualizado conforme comentário. { obrigado! :)}