O atraso peculiar da interface do Matlab provavelmente foi causado por um script de carregamento .mat de alta quantidade que eu rodei anteriormente. Mesmo quando eu reiniciei o Matlab sem executar nada na nova sessão, a interface começaria a ficar lenta depois de um tempo, mas somente quando o pc não fosse reiniciado desde a execução do script de carregamento .mat em uma sessão anterior do Matlab.
O fato de que o problema persistiu mesmo se o Matlab foi reiniciado, tornou mais difícil para mim ver que um processo anterior do Matlab poderia ser a causa do problema, já que eu concluí que desligar completamente todos os processos do Matlab também eliminaria efeitos de determinados scripts que foram executados.
Essa suposição parece não se sustentar, e parece que o carregamento de milhares de arquivos .mat faz com que algum tipo de ineficiência no Matlab surja. Eu sei que não é o tamanho das variáveis resultantes no espaço de trabalho, já que eu rotineiramente carrego arquivos .mat e scripts únicos produzindo variáveis com um tamanho total superior a 20GB, sem nunca ter passado por esse atraso. Deve ser então 1000s de acessos de arquivo que causam o problema no Matlab.Se eu usei outra instalação do Matlab 2013b para carregar os milhares de arquivos .mat em uma única estrutura de dados, experimentei o mesmo atraso peculiar no Matlab 2014a. No entanto, se eu reiniciar o Matlab 2014a, sem precisar executar a carga .mat do 1000 em 2014a, mas apenas em 2013b, a interface do Matlab 2014a não ficará atrasada.
Então, eu quase chamaria isso de um tipo de bug no Matlab 2013/2014 que está relacionado, pelo menos, ao carregamento de milhares de arquivos .mat. Minha solução temporária é usar o Matlab 2013b para carregar os arquivos e concatená-los em um único .mat, e reiniciar o Matlab 2014a se ele estivesse aberto.