Estou realmente com medo de ter excluído o conteúdo da unidade.
rm -r /media/d/ excluirá recursivamente qualquer coisa dentro de /media/d/ , mesmo que /media/d seja um link. O que você deve ter usado é rm -f /media/d , que excluirá apenas o link. O sinalizador -f é necessário porque é uma pasta, não um arquivo.
Ele provavelmente apagou bastante nesses 3 segundos. No entanto, ele não excluirá os diretórios em si. Se este comando tivesse terminado, você teria uma estrutura de diretórios vazia!