Parece que foram as configurações locais da minha conta que deram errado! Criar um novo usuário e mover meus arquivos não ocultos (sem configurações, etc.) para o novo homedir, e ativar a propriedade resolveu esse problema de anoying. Depois de algumas limpezas e atualizações, tudo volta ao normal. Mesmo o suporte usb no virtualbox funciona agora, isso não aconteceu antes. Instalando skype de cannonical também funciona!