Às vezes, a enumeração de disco do BIOS difere da do grub. Se você chegar a um prompt grub, tente olhar para o disco hd1 e veja se ele é o que você espera (verifique as partições de avail com a conclusão da tabulação é uma maneira fácil). tipo set root = (hd1, TAB e as partições serão listadas. Se você está recebendo o outro disco, edite os hd1s para hd0s, tente o boot com F10 ou crtl X. Se esse é o problema, você pode editar todos os hds no arquivo /boot/grub/grub.cfg, mas esteja pronto para fazer isso toda vez que você atualizar os kernels.Eu não vi discos rígidos se misturarem assim, mas os discos USB estão sujeitos a isso, e a enumeração do BIOS é nem mesmo consistente, mas às vezes muda - talvez um problema de tempo.