Certifique-se de usar a opção --allow-other ao montar o S3QL. O Plex Media Server é executado no usuário plex, enquanto, por padrão, o mount.s3ql permite acesso apenas pelo usuário que montou o sistema de arquivos.
Você também pode precisar modificar o /etc/fuse.conf para permitir o acesso de outros usuários, descomentando o user_allow_other:
sudo nano /etc/fuse.conf
Você também pode precisar adicionar o usuário que monta o S3QL ao grupo de fusíveis, depois fazer o logout e login:
sudo adduser USERNAME fuse
Explicação de outras opções do mount.s3ql: link
Eu executo o Plex Media Server a partir de uma instância t2.micro no Amazon EC2. É grátis e funciona muito bem.