Vimos um problema com sintomas semelhantes relatados como link
Lá, a captura de link da área de transferência do jdownloader continuou a aumentar o uso de memória do GIMP. Se você usar esta ferramenta, ou qualquer outra coisa que acesse a área de transferência (o KLipper do KDE costumava causar o mesmo, IIRC), então você pode conseguir contornar o problema desativando-os.
Se o problema está no GIMP ou no GTK + - a estrutura da interface do usuário - ainda não foi determinado.