Não, não é. Se houver um sistema i386 no seu bastão, você pode somente instalar uma versão i386 do Ubuntu. Para usar a versão x86_64, você precisa criar o sistema ao vivo novamente a partir de um x86_64.
Qual é o seu problema com a criação de um novo bootstick? Não demora muito.
PS: Use UNetBootin para criar o bootstick. É a ferramenta mais útil que conheço.