Por padrão, o Wine executa programas como admin em si, mas o vinho pode até ser quebrado ao tentar executá-lo como root. Nunca execute como root. Para dizer se é "rooted", veja o comando que você usa para iniciá-lo. Se incluir "sudo" ou "gksudo" ou até mesmo "kdesudo", você o executará como root. O vinho está sujeito a vírus da mesma forma que uma conta do Windows não admin pode ser. Apenas certifique-se de que o que você está executando é seguro e você deve estar bem.