Normalmente, se você quiser um novo sistema operacional, basta colocar o cd de instalação (ou, no seu caso, você pode adicionar um arquivo iso). Depois disso, você clica no disco rígido em que deseja instalá-lo e formata a partição (todos os arquivos serão excluídos). Você tem então um novo sistema operacional instalado e o antigo removido. Se isso não é o que você quer, você também pode usar um iso para apagar o disco rígido ou você pode usar o gparted no cd de instalação do ubuntu para formatar o disco rígido.