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Sistema de arquivos suportado: (1) ext2, ext3, ext4, reiserfs, reiser4, xfs, jfs, btrfs do GNU / Linux, (2) FAT12, FAT16, FAT32, NTFS do MS Windows, (3) HFS + do Mac OS , (4) UFS do FreeBSD, NetBSD e OpenBSD, (5) minix do Minix e (6) VMFS3 e VMFS5 do VMWare ESX. Portanto, você pode clonar GNU / Linux, MS Windows, Mac OS com base em Intel, FreeBSD, NetBSD, OpenBSD, Minix e VMWare ESX, independentemente do sistema operacional de 32 bits (x86) ou 64 bits (x86-64). Para esses sistemas de arquivos, somente os blocos usados na partição são salvos e restaurados. Para o sistema de arquivos não suportado, a cópia setor a setor é feita por dd no Clonezilla.