Parece que você está tentando excluir diretórios. O comando rm só funciona nos arquivos por padrão.
Para excluir um arquivo chamado "filename":
rm filename
Para excluir um diretório vazio chamado "dirname":
rmdir dirname
Por favor, tenha cuidado com este! Para deletar o diretório "dirname" e tudo nele:
rm -rf dirname
Tenha em mente que qualquer coisa em que você rm esteja efetivamente desaparecido para sempre. Se a exclusão de arquivos não resolver o seu problema, avise-nos.