Bem, você pode criar scripts de ações de janela com várias ferramentas, mas a que eu continuo voltando é xdotool . É grande e complicado, então você vai querer ler alguns exemplos em man xdotool .
Se você estiver executando várias coisas, considerarei usar getactivewindow junto com windowmove e windowsize .
# ... run something ...
xdotool getactivewindow windowmove 0 0 windowsize --usehints %@ 80 24
# ... run something else ...
xdotool getactivewindow windowmove 300 100
Como alternativa, talvez seja hora de olhar para um gerenciador de janelas lado a lado para ver se isso pode gerenciar o lançamento e o posicionamento para você.