Deve fazer.
O WUBI vive inteiramente dentro da partição do Windows e modifica o gerenciador de inicialização do Windows para funcionar. O próprio Ubuntu terá sua própria partição e moverá o bootloader do Windows como um bootloader secundário e o substituirá no MBR com o Grub.
Para inicializar o Wubi, você terá que selecionar o Windows no Grub e depois o Ubuntu no gerenciador de inicialização do Windows.