Como você mencionou, você pode ter problemas com o software não fechar corretamente. Além disso, o desligamento ocorre como uma sequência de encerramento adequada, exatamente como se você tivesse invocado a partir dos menus, para que você não tenha problemas adicionais.
É assim que eu configurei meu próprio lapotop e o netbook da minha namorada, que não pode retomar corretamente a suspensão / hibernação. Em dois anos, não tive nenhum problema relacionado ao desligamento por meio do fechamento da tampa.