Finalmente, depois de ter lutado por cinco meses com isso, percebi isso.
Resumindo: é necessário excluir um arquivo oculto ~/.local/share/icons/.png
, criado por um script de instalação do Mathematica.
Com um pouco mais de explicação: depois que eu desisti de encontrar o motivo para esse problema do lado do Komodo, tentei descobrir como os ícones para os tipos MIME são gerenciados no Ubuntu. Assim, com a ajuda do Google, o stackexchange e resposta do danjjl Eu decidi procurar no diretório .local/share/icons
, onde eu imediatamente vi esse arquivo oculto.