O que funcionou para mim em um laptop foi mudar o agendador de disco. Isso pode ser cone de três maneiras:
Teste-o digitando na linha de comando ( ctrl + alt + t )
echo cfq | sudo tee /sys/block/sda/queue/scheduler
e substitua "sda" pelo nome do dispositivo dos seus dispositivos. Faça isso para ambos os seus discos. Você pode verificar qual agendador está em uso inserindo
cat /sys/block/sda/queue/scheduler
reinicialize para reverter para padrão se isso não funcionar.
Para tornar as alterações permanentes, coloque o comando em /etc/rc.local ou adicione uma opção de kernal elevator=cfq
Desde que escrevi esta resposta, mudei minha estratégia. Agora eu uso o planejador de disco cfq, mas adicionei o sinalizador 'noautogroup' aos meus parâmetros de inicialização.