Eu tive um problema semelhante colocando o Ubuntu em um computador com Windows 8. Por alguma razão, o Winblows usa várias partições, e eu acho que isso é parte do problema. Eu resolvi o problema instalando o Win 7 (o cliente não gostou do Win 8), depois o Linux. O Winblows sempre sobrescreve o setor de inicialização, marca a partição principal do Win 8 para que você possa reconhecê-la, depois instalar o Linux e dizer ao Grub para gravar naquela unidade, espero que isso corrija isso.