Com base nas informações que você forneceu, acho que uma cópia completa / restauração dos dados do backup está em ordem.
Isso é baseado em:
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Você escolheu as permissões de um diretório importante (off /).
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Você não sabe qual.
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Não há nenhuma maneira prática de restaurar as permissões que foram escolhidas em uma árvore de diretórios recursiva.
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Você pode pensar que poderia simplesmente definir tudo fora do seu diretório home para o proprietário root: root, mas você não pode - muitos daemons são executados como sua própria conta de usuário e precisam de acesso de gravação aos arquivos, digamos, / var em algum lugar.
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Você pode pensar que poderia tornar as permissões tão permissivas quanto possível (por exemplo, chmod 777), mas isso deixaria você com um sistema inseguro e algum software se recusaria a executar permissões inseguras. Ainda seria confuso.