Não é a solução direcionada à sua pergunta, mas ainda assim, se você estiver disposto a instalar o Skype, outra solução é baixar o arquivo .deb diretamente do site do Skype:
Certifique-se de escolher sua distribuição como Ubuntu 12.04 (Multiarch), baixar o arquivo deb e abri-lo com o Ubuntu Software Center. Clicar duas vezes no arquivo de download será bom. Isso fará com que você se instale no skype.
Em relação a entradas duplicadas na sua lista de atualizações, tente:
sudo rm /var/lib/apt/lists/archive.canonical.com_ubuntu_dists_trusty_partner_binary-i386_Packages
no seu terminal. Executar sudo apt-get update
depois disso e ver o que acontece a seguir.
Atenciosamente.