Agora, ao instalar o Ubuntu, há uma opção durante a instalação para criptografar sua pasta de usuário. Isso dará muito mais proteção e tornará o Ubuntu mais seguro contra qualquer dano que possa vir de outro lugar.
E mesmo sem isso, os arquivos devem ser bem seguros. No geral, eu não acredito que é tão fácil ganhar acesso a um disco rígido inteiro apenas através de software nos dias de hoje. Você realmente teria que baixar o pior dos piores da Internet para isso.
Geralmente, esses problemas ocorrem quando alguém obtém acesso ao seu computador fisicamente.
Além disso, prefiro fazer uma instalação do VM Ubuntu se você quiser realmente mexer com coisas ruins. Dessa forma, você pode excluir a VM quando necessário e não haverá problemas.