Opção 1 :
Usando o "gparted" (ou ubuntu (sudo apt-get install gparted)) (ou qualquer ferramenta de particionamento de disco), limpe uma das partições NTFS para "não particionado", (esperamos que esse espaço tenha pelo menos 18GB), e prossiga para a instalação, o Linux geralmente é instalado na partição EXT4 e não é para partições NTFS . (Lembre-se de configurar cerca de 1 GB de espaço de troca). Desde que o GRUB detecte janelas, elas não funcionarão uma da outra.
Notas:
A partir da tag "wubi": "Uma forma de dual boot Ubuntu e Windows sem particionamento. O Wubi será descontinuado a partir do Ubuntu 13.04 (Raring Ringtail). Por favor, considere usar uma instalação normal."
Faça o backup dos dados antes de particionar esse disco.
Opção 2 :
Pegue uma versão do Ubuntu que suporte o wubi (13.04) e então vá e instale.