Recentemente, tive o mesmo problema após uma atualização. Acredito que a atualização possa ter corrigido o bug que exigia que o nm-applet fosse adicionado manualmente à lista de autostart. Eu removi minha adição à lista de inicialização, depois desconectei e voltei e o ícone do painel extra tinha desaparecido. (Minhas atualizações automáticas parecem ter sido corrigidas também).