Respondendo a mim mesmo, acabei com scripts de instalação simples como esse:
#!/bin/bash
sudo apt-get remove elasticsearch
sudo dpkg -i elasticsearch-0.90.5.deb
sudo rm -rf /usr/share/elasticsearch/plugins
sudo cp -R plugins /usr/share/elasticsearch
sudo cp elasticsearch.yml.0.90.5 /etc/elasticsearch/elasticsearch.yml
sudo /etc/init.d/elasticsearch restart
sleep 2;
sudo /etc/init.d/elasticsearch status
Observe que no arquivo elasticsearch.yml, o nome do cluster deve ser diferente para evitar conflitos:
0.9.5 :
cluster.name: cluster_v0
1.7.6 :
cluster.name: cluster_v1
E assim por diante.