Você pode fazer isso por meio de permissões do UNIX e já existe como baseado no Ubuntu.
As pastas iniciais já podem fazer isso. Cada usuário, como você sabe, tem uma pasta pessoal. Eles (e o superusuário) são os únicos que podem ler arquivos lá.
Os processos começam com o mesmo conjunto de permissões do usuário. Por exemplo, um executável contendo rm -rf /etc/
só será executado com êxito se esse usuário tiver permissão para gravar diretamente em / etc. No entanto, você deve observar que os arquivos do sistema precisam ser lidos por todos os usuários. Você não pode mudar isso sem problemas SÉRIOS.