Quando é um laptop, penso, é melhor usar a máquina virtual. Porque você o move tanto quanto se é um PC estático (um Desktop).
Eu costumava instalar o Ubuntu no disco rígido e ele desconectava frequentemente quando usado no laptop (apenas movendo um pouco). O sistema irá congelar e bater! nada a fazer além de reiniciá-lo.
Eu recomendo que você use sua segunda opção .
Verifique se o seu /home
dir está no laptop e se outros arquivos vão para o disco externo. Porque perder (desconectar) você /home
irá congelá-lo também.