Não há absolutamente nenhum problema na transferência de dados do NTFS para o ext3. Existe um driver ext de código aberto disponível que você pode instalar no Windows. Este driver ext para Windows é, na minha experiência, mais confiável do que os drivers NTFS no Linux, o que significa que eu vi menos problemas com ele.
Então, o que você faz é limpar uma de suas unidades, formatá-la em EXT3 e começar a mover seus arquivos. Você então continua a mover as coisas até que você tenha apenas partições EXT.
Com esses volumes de drives, tenho certeza que é um pouco de quebra-cabeças, mas eu suponho que você será capaz de criar espaço suficiente para esse processo.
Note que isso é NUNCA uma opção segura, mesmo se você transferir do NTFS para o NTFS, se você não tiver um backup dos dados . Você deve sempre ter um backup para os dados que você não pode perder. Para mim, pessoalmente, tudo o que eu não consigo (facilmente) recriar ou baixar novamente, são dados importantes que precisam de backup. Tudo o que eu posso baixar novamente, não vale a pena fazer backup e na maioria das vezes, nem vale o dinheiro para comprar um disco grande para.