Além do que o David disse, você pode usar o CCSM para brincar com esse comportamento.
Na opção de plug-in "Place Windows", você pode escolher entre várias opções. Eu descobri que 'inteligente' preserva a maioria das minhas configurações.
Isso é especialmente verdadeiro se você tiver uma configuração de monitor duplo; Eu achei que precisava usar 'lugar em todas as saídas' para obter meu comportamento esperado.
No entanto, acho que o Unity usa como padrão a tentativa de maximizar os aplicativos. Pelo menos, foi o que eu encontrei.