Se o seu objetivo é consertar o Windows, isso pode ajudá-lo, ou pelo menos economizará mais 6 horas pesquisando:
Eu tive o mesmo problema depois de tentar dual-boot do Windows 8 e Ubuntu 14.04, em seguida, excluindo as partições do Ubuntu. Eu tentei usar o usual bootrec /fixmbr , /fixboot , etc.
Nada disso funcionou. O problema é que você precisa primeiro mover para a partição EFI, renomear o arquivo BCD e, em seguida, executar os comandos bootrec /fixmbr , bootrec /fixboot e bootrec /rebuildbcd .
Veja este tutorial: link
Depois do passo 3:
Enter: bootrec /fixmbr [Press Enter]
Enter: bootrec /fixboot [Press Enter]
Enter: bootrec /rebuildbcd [Press Enter]
Ele perguntará para quais instalações você deseja reconstruir o arquivo BCD. Eu acabei de entrar em Tudo. Então eu reiniciei e tudo voltou ao normal. Espero que ajude.