Sua saída de depuração mostra que o Pipelight carrega a configuração de /home/alden/.config/pipelight-silverlight5.1 . Este arquivo de configuração está provavelmente corrompido e contém alguns caminhos inválidos que levam aos erros que você encontrar.
Eu recomendaria excluir o arquivo:
rm /home/alden/.config/pipelight-silverlight5.1
O Pipelight deve agora retornar a sua configuração padrão, o que é suficiente na maioria dos casos. Se você ainda precisar alterar alguma coisa, deverá copiar o arquivo de configuração original de /usr/share/pipelight/configs/pipelight-silverlight5.1 para /home/alden/.config/pipelight-silverlight5.1 e verificar após cada modificação se ainda funciona.
