O Upstart resolverá o link simbólico. Você não pode contornar isso usando uma seção de script e cd / caminho.
Editar: parece que foi descoberto qual era o problema. cd
estava definindo $ PWD para o link simbólico, não o resolvido, e chdir
não estava definindo $ PWD, então o aplicativo estava recebendo seu diretório de trabalho atual e recebendo o caminho resolvido.