Você deve seguir estas etapas
- Backup de seus dados
- Instalar o Windows
- No primeiro disco, crie duas partições (1.5T, 1.5T), No segundo disco, igual ao primeiro disco
- Instale o ubuntu com / na segunda partição e / home na primeira partição no segundo disco.
O Ubuntu instalará o GRUB como bootloader primário, e ele deverá adicionar o Windows nele. Backup de seus dados, eu não sou responsável por qualquer perda de dados.