Observe que o gerenciador de inicialização deve estar no próprio disco rígido e não em uma partição. Você pode tentar re-instalar o sistema anotando esta informação importante, se falhar, Acho que o método mais fácil é desconectar os outros HDDs e instalar o Ubuntu normalmente.
Você pode então conectar os outros HDDs e usar o menu de inicialização do BIOS para selecionar quando inicializar a partir do HDD do ubuntu. Você também pode usar o disco do ubuntu para inicializar os outros sistemas operacionais, quando você inicializar dentro do Ubuntu com ambos os HDDs, apenas execute sudo update-grub2
para adicionar as novas entradas. (este comando será executado após você instalar todas as atualizações, pois haverá uma atualização do kernel disponível que acionará o grub para atualizar).
Por favor, note que a maioria dos BIOS é "inteligente" e removerá os dispositivos que estão faltando da inicialização padrão se eles não estiverem disponíveis durante apenas uma inicialização.