Eu resolvi isso depois de encontrar uma pequena discussão nos fóruns do Ubuntu. Eu acho que esta solução pode ser aplicada a qualquer programa
Instale o compizconfig-settings-manager:
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
Entre em Window Managment e Window Rules , adicione:
Skip taskbar: title=Cairo-Dock
Skip pager: title=Cairo-Dock
e, finalmente, volte para as configurações principais e ative o Window Rules marcando a caixa
Também é possível alterar o comutador ativando o comutador de anel ou de troca e substituindo o atalho Unity pelo comutador personalizado. Em seus respectivos menus, você pode escolher o tipo de janelas que ele deve exibir.