Tente ligar os fones de ouvido e abaixar o volume, desconecte-os e teste novamente. Eu tive um problema semelhante e isso aconteceu comigo.
Estou usando o Ubuntu 14.04, mas tive esse problema em versões anteriores do Ubuntu.
Quando o volume está acima de 45% e estou tocando música, o som alterna entre fones de ouvido e alto-falantes, mas não há fones de ouvido conectados.
Não importa qual programa é usado para reproduzir música.
Tente ligar os fones de ouvido e abaixar o volume, desconecte-os e teste novamente. Eu tive um problema semelhante e isso aconteceu comigo.