Eu não sei exatamente por que você não seria capaz de fazê-lo no Compiz-config Settings Manager (CCSM). É possível que você só precise instalar um plugin para recuperar esse recurso?
De qualquer forma, eu recomendaria Devil's Pie para isso. Não é específico do Compiz, mas funciona com qualquer área de trabalho X, o que significa que também é útil com o Gnome Shell, KDE, LXDE, Xfce, etc., que normalmente não usam o Compiz.
Devil's Pie está nos arquivos do Ubuntu como devilspie (clique para instalar) e há também um aplicativo GUI para ele : gdevilspie (clique para instalar)
Você pode ler mais sobre o Devil's Pie nas páginas de ajuda da Comunidade Ubuntu: link