Para obter uma lista de arquivos com uma determinada palavra, simplesmente execute este comando:
ls | grep certain_word
então você obterá todos os arquivos que têm essa palavra em seu nome, então você pode criar um script que faz um loop na saída e cada resultado é copiado para a pasta diferente que você quer o exemplo do loop for que você precisa e eu acho ele funcionará com você depois que você fizer um arquivo de script é o seguinte:
for OUTPUT in $(Linux-Or-Unix-Command-Here)
do
command1 on $OUTPUT
command2 on $OUTPUT
commandN
done
consulte este link para mais informações sobre scripts de bash:
http://linuxconfig.org/bash-scripting-tutorial