O Windows 8 substituirá o menu de inicialização do GRUB (que é a tela de inicialização dupla à qual você está se referindo). Eu acredito que reinstalar o GRUB através do Windows irá resolver o seu problema. Outra correção seria simplesmente reinstalar o Ubuntu, em cujo processo você pode reinstalar o GRUB e decidir entre o sistema operacional Windows e o Ubuntu. É possível manter seus arquivos anteriores do Ubuntu dessa maneira. Primeiro, tento instalar o menu de inicialização do GRUB e verificar se ele está instalado na raiz da primeira partição. Não sou especialista, mas acredito que isso resolverá seu problema.