Eu diria que tudo é possível e é por isso que recomendo backups! :-D
De minha experiência pessoal, posso dizer com segurança que adicionei vários PPAs aos meus sistemas para softwares conhecidos e desejáveis e nunca tive uma violação de segurança AFAIK. A pior coisa que já vi acontecer em um sistema Ubuntu foi um seqüestro de home page. Facilmente resolvido, definindo a página inicial de volta ao normal. Eu diria que da dúzia ou mais sistemas operacionais que eu usei o Ubuntu é provavelmente o menos provável de ser infectado de todos eles. Se eu pensasse diferente, estaria usando outra coisa.