Encontrei uma resposta incrível para isso aqui: Como faço para trocar o Escape e o Caps Lock .
A resposta foi instalar o Tweak. Funcionou como um charme para mim ao trocar o Caps Lock pelo Controle.
Eu tentei a rota setxkbmap e não consegui fazê-la funcionar, mas o Tweak funcionou bem.
BTW, se você é como eu, você também vai querer saber que o comando abaixo irá corrigir suas opções no setxkbmap que agora estão provavelmente todas estragadas (não que pareça ter um impacto):
setxkbmap -option ''