EDIT: Nevermind, eu agora acho que foi porque eu tinha usado o LWP, e tinha manched meus arquivos de configuração. Eu estou deixando as informações abaixo, apenas no caso de ambas as coisas.
TLDR: você está lidando com clones de uma imagem? Em caso afirmativo, certifique-se de iniciar a imagem base (aquela criada com lxc-create, não lxc-clone) pelo menos uma vez antes de cloná-la.
Eu estava passando por um bug semelhante. No 14.04 host, usando 14.04 contêineres. Eu capturava um contêiner e, na primeira vez que eu o executava, a rede funcionava. No entanto, se eu parasse o contêiner e o iniciasse novamente, a rede não apareceria: a única maneira de fazê-lo funcionar era fazer ifup eth0.
Durante a solução de problemas, voltei à minha imagem original, a primeira criada com o lxc-create. Você vê, eu não comecei: assim que eu criei, fiz um clone de snapshots para trabalhar, para que eu sempre tivesse uma boa imagem de base. Eu percebi, quando eu corri, que a rede surgiu corretamente, não importa quantas vezes eu reiniciei o container.
Depois, todos os clones de snapshots que eu tirei da imagem funcionaram corretamente também. Enquanto isso, os clones que eu havia feito antes (sem executar o contêiner com base uma vez) continuaram a não funcionar corretamente.
Meu palpite é que existe alguma configuração inicial que é executada na primeira vez que um contêiner recém-criado é executado, e essa configuração inicial não funciona corretamente se a primeira execução for feita como um clone. Isso tudo é conjectura embora.