Tente gksu gedit php.ini , se o gksu não estiver instalado por padrão, em seguida, execute este comando sudo apt-get install gksu para instalá-lo.
Esse erro acontecerá se você estiver tentando abrir um aplicativo gráfico usando sudo.Use gksu em vez de sudo para abrir o aplicativo gráfico como gedit , nautilus , etc.