Parece-me que suas configurações de compiz precisam ser redefinidas (manualmente). Para fazer isso, remova ~/.compiz-1 , ~/.compiz e ~/.config/compiz ou ~/.config/compiz (se eles existirem; depende da versão do seu compiz).
Além disso, você pode excluir ~/.gconf/apps/compiz-1 para ser seguro.
Desde que você tenha reinstalado o Unity, isso deve corrigir o problema.