Suponho que o uso do Gerenciador de configurações do CompizConfig possa ser de alguma utilidade para o seu problema (instale-o, se você não o tiver).
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager wmctrl
Verifique suas configurações atuais usando a guia Gerenciamento de janelas e altere as configurações para maximizar a janela ou procure recursos Snap Window ou Grid. Experimente diferentes configurações até obter o que precisa. Verifique outras guias no Gerenciador de configurações do CompizConfig para opções incorretas de composição.
Nota: O uso do Gerenciador de configurações do CompizConfig pode congelar seu sistema. Altere apenas o que é necessário para suas necessidades atuais, e se algo der errado, reverta as configurações do CompizConfig para o padrão e tente novamente.