Você não precisa editar esses arquivos. Além disso, se você atualizar o gtksourceview, suas alterações poderão se perder.
Para fazer suas próprias alterações, crie a pasta ~/.local/share/gtksourceview-3.0/styles
:
mkdir ~/.local/share/gtksourceview-3.0/styles
copie o arquivo que você está interessado em modificar:
cp /usr/share/gtksourceview-3.0/styles/cobalt.xml ~/.local/share/gtksourceview-3.0/styles
(Você pode executar esses comandos a partir do terminal. Se você estiver usando o Gedit, a pasta correta pode ser ~/.local/share/gedit/styles
.)