O que você quer, não é possível. Seu servidor privado virtual (VPS) não permite isso ( OpenVZ (provavelmente o mais popular?), Contêineres do Solaris e LXC são 3 exemplos de tais sistemas).
Basicamente, há um servidor que é dividido em contêineres dos quais você usa um. Alterar a troca mudaria para todos os contêineres para que você não tenha permissão para alterá-lo. É definido pelo provedor.
Em uma nota lateral: mudar o swappiness em um VPS não resolverá nenhum problema que você acredita ter. Em um VPS como o OpenVZ swap é o mesmo que RAM (e espero que seja o mesmo em qualquer VPS). Então, seu problema é resolvido adicionando RAM.