O interesse de softwares aplicativos como o Bluefish, Filezilla, WinCp (no Windows) ... é lidar com um servidor remoto.
No seu caso, é melhor executar o comando acima ( sudo cp source destination
).
Mas em ambos os casos, usando um software ou uma linha de comando do terminal, os privilégios de seus arquivos dependem apenas de como você chmod
eles (eles não são inerentes ao software que você está usando).
Se você quiser usar apenas o Eclipse, sem qualquer outro software ou linha de comandos para obter privilégios de root sobre seus arquivos, poderá criar links simbólicos para suas origens usando o próprio Eclipse. Você pode seguir as instruções aqui: link