Eu tenho uma solução que funciona para mim. Eu documentei aqui .
Estou usando o Xubuntu 12.04.4. Eu tenho dois monitores (um touchscreen e um regular). Eu usei xrandr para definir a tela normal à direita da tela sensível ao toque, para exibição estendida. Agora o Ubuntu pensa que toda a área de trabalho estendida é sensível ao toque. Como posso resolver este problema?