Não deve haver problemas. No entanto, o instalador do Ubuntu trava muito quando se fala em formatar o disco rígido. Portanto, tente formatar o HDD manualmente antes da instalação. Se eu me lembro bem, houve gparted no Live CD padrão apenas para essa coisa. Não se esqueça de desmontar o HDD após a formatação também. Não se esqueça da partição EFI, se você estiver instalando para o EFI.